Depuis la loi « Hôpital, Patients, Santé et Territoire » du 21 juillet 2009, les organes décisionnels du CHU sont le Directeur, le Directoire et le Conseil de surveillance.
Le Directeur
Met en œuvre la conduite de l'établissement après concertation avec le Directoire sur les points soumis à ce dernier en avis. Il transmet ensuite les décisions de mise en œuvre correspondantes au Directeur Général de l'Agence Régional de Santé,
Nomme les membres du Directoire et peut mettre fin à leurs fonctions,
Nomme les chefs de pôle sur présentation d'une liste élaborée par le Président de la CME,
Propose la nomination des personnels médicaux au Centre National de Gestion sur proposition du chef de pôle et après avis du Président de la CME,
Propose au Directeur Général du Centre National de Gestion la nomination des Directeurs Adjoints et des Directeurs de soins
Il est lui-même nommé dans les CHU par décret sur proposition du ministre chargé de la santé et du ministre chargé de l'université et de la recherche.
